制药工程专业毕业后可到制药工程（或医药生物技术）领域相关的生产企业、营销企业、科研院所、药品监督管理部门等企、事业单位从事药品生产、管理、营销、检验监督和研发等工作。也适于报考生物技术、药学及相关专业的研究生。
国内现状
从2003年8月的统计数据来看，制药工程专业在各省市的分布不是十分均衡的，最多的江苏省有10所以上的高校设置了制药工程专业，但是全国却有近1/5的省、自治区则没有设置该专业。各大区高校的制药工程专业设置也不均匀，其中，华东地区所占比例最高，达到了1/3，华北地区次之，东北地区排列第三，而西北地区和华南地区则相对较少。这些制药工程专业的设置数量在某种程度上可能与该地区高校数量、办学能力、该地区的制药工业或者经济发展状况有一定的相关性。
设置制药工程专业的高校分成五类：理工类大学，综合性大学，医药类院校，高等专科学校，其他类型高校（如农学院、商学院等）。设置制药工程专业最多的是理工类大学，其次是综合性大学，然后是医药类院校。在这些设置制药工程专业的高校中，设有药学院系的高校约占30%左右，而设置工科院系的高校占60%以上。虽然制药工程专业是工科专业，需要有较强的工科办学背景，同时也要求设置制药工程专业的学校应该具备一定的药学方面的教学与研究基础。但是很明显，能同时达到这两个要求的学校并不是很多。
不同类型的学校会有不同的办学背景、办学理念、办学模式、办学基础、办学环境、办学质量和办学规模，从而会出现不同的培养方案、教学计划、教学内容、课程设置等，特别对于那些专业转型的学校，会在较长时间内受到原专业的影响。但是必须强调的是，不管这些院校的办学背景如何，制药工程作为一个新的专业必定有它特定的含义和办学要求，其专业的覆盖面必定会比原来各自的“母专业”有所扩展和变化，有些是量的变化，有些则必须实现质的变化。因此，每个学校都有一个重新审视、规划和规范化的过程，对其办学基础、办学环境、办学质量和办学规模也必须有相应的要求。随着医药工业的发展和制药技术的提高，对制药工程专业的人才培养也应该有新的要求。
国外专业
国外制药工程专业教学也是随着医药工业的发展而发展的。1995年，受美国科学基 金的资助，第一个全美范围内的制药工程研究生教学计划在制药工业最集中的州??新泽西州立大学Rutgers分校诞生了，标志着制药工程教学的开端。随后密西根大学等高校也相继设立制药工程研究生教学计划，1998年加州大学Fullerton分校设立本科教学计划。除美国外，加拿大、英国、德国、日本和印度等国家的部分高校也已设立制药工程教学计划。有些高校成立了制药工程研究所（组），如弗吉尼亚科技大学成立了制药工程研究所,阿斯顿大学工程与应用科学学院下设了制药工程研究组。在这些院校中，不少是以研究生教学为主的。
对于制药工程本科教育，国外高校的目标很明确，要求学生具有广泛而坚实的制药工程基础。他们学习不同药物剂型的制造工艺、工业发酵、灭菌及无菌技术、GMP以及质量确认与控制、FDA认证等。总之，这个专业的学生要学会药物制造中的实用技术，以满足不断发展的制药工业的需要。譬如加州大学Fullerton分校的制药工程专业的专业课程体系比较完善和全面，设立了由制药工程导论、药物剂型和给药系统、制药及其公用工程的项目管理、制药公用系统及其安全与环境、制药工程实验、设计方案等六门课程组成的课程体系。同时，除了理论课程教学外，该校特别重视培养学生的实际工作能力，在本科阶段就与制药生产相结合：一方面，通过四年级开设实验课培养学生在药物制造和检测技术方面的动手能力；另一方面，通过与本地制药公司合作开展实习，让学生进一步接触和了解企业。
相关行业
与制药工程专业密切相关的行业主要是制药工业，包括传统的化学制药、生物制药、中药制药和药物制剂，一些医药中间体生产企业、一些保健品生产企业也与制药工程专业有关。由于全球对人类健康越来越重视，“药品”作为保证人类健康的最重要商品之一，受到越来越多的关注，对药的品种、质量、效果等提出了越来越高的要求。而且随着人们生活水平的提高，对药品的重视程度还会大大增加，国家也会加大对制药业的准入制度和监管力度。
2003年，世界药品市场的增长率为5%～7%，中国药品市场的增长率为28%左右。其中，老年人和儿童仍然是药品消费的重要对象。在国际上，仍然是研发型制药企业独占鳌头。2003年，美国药品研究和生产协会会员单位的研究开发费达332亿美元，比2002年增长7.1%。其中用在美国本土的经费达到274亿美元，58亿美元用在美国之外的国家。这个经费比1990年美国的药品研究开发费增加了5倍，同期，欧洲增加了2.5倍。国外制药企业发展非常快，基本形成了以超大规模制药集团为主体的制药工业，一些小公司的生存空间相对较小。2003年很多国际大型医药企业仍然运作很好。
国内医药企业的发展趋势良好，外商独资企业、中外合资企业、国营企业、民营企业等不同所有制和管理模式的制药行业已经形成了一个非常大的产业群。2003年，中国药品制剂和原料药生产企业共有5082家，到2004年4月底已有2800家企业通过了GMP认证，这些企业在市场上占有80%的份额。这些制药企业正是制药工程专业毕业生的主要去向。
相互关系
制药工程专业的办学规模发展较快，这是与制药工业的发展分不开的，说明制药的重要性以及制药行业在国民经济发展中的重要地位已为社会所认可，为办好制药工程专业创造了条件。由于药品是一种特殊的商品，制药企业的建立和扩大都会受到严格审核和更高标准的要求，绝不可能无限制地膨胀；同时，制药行业属于较新技术产业和非劳动密集型企业，对技术人员和操作工的需求量不是很大，但对人员的素质和能力要求相对较高。因此，从总的趋势看，对人员的需求量应该远远小于制药工业产值的增长速度，在有些地域甚至还可能出现负增长。
高等院校中与“药”有关的专业远不止制药工程一个，许多药学类专业、若干医学类专业、化工类专业、生物工程类专业、生物技术类专业、食品类专业、化学类专业、中药学专业等，它们的毕业生都能够参与制药企业的工作，是一股建设和发展中国制药行业的重要力量，当然也就成为与制药工程专业的毕业生竞争制药行业工作岗位的人才源。鉴于这样的背景，就必须要考虑制药工程专业的办学规模和办学质量，也就是说，在制定制药工程专业的培养计划和专业知识结构上，既要注重专业的质量和特色，办出具有针对性较强的专业，同时也要适当控制人才培养的数量，使其符合制药行业的发展趋势。这里所说的专业质量和特色是办好制药工程专业的核心问题。
社会需求
医药产业已成为世界经济强国竞争的焦点，世界上许多国家都把建立医药品工业视为国家强盛的一个象征。新药的不断发现和治疗方法（如基因研究）的巨大进步，促使医药工业发生了非常大的变化。因此，无论是药品，还是过程技术都需要新型制药工程师，这类人才掌握最新技术和交叉学科知识、具备制药过程和产品双向定位的知识及能力，同时了解密集的工业信息并熟悉全球和本国政策法规。正如前面已经提到的，2003年中国制药企业共5082家，生产药品的工业企业约3000家，生化制药企业300余家，其中现代生物制药企业47家；生产中药（包括天然药物）产品的企业约1600家，其中专门生产中药（包括天然药物）产品的155家。另外，还有药品批发企业16.7万多家，药品零售企业12万家，医疗机构6万家。这些企业都在对制药工程专业人才有较大的需求量。
中国已有100多所高校设置了制药工程专业，如果按每个专业招收60名学生计算，每年将有6000多名制药工程专业的毕业生走向社会。2003年以制药工程专业的名义招收的学生已经走向了社会，第一届毕业生的毕业人数不是很多，整体就业率还不错。2004年第二届毕业生也已毕业，就业情况非常不错。这中间有一些学生进入了研究生阶段的学习，很少部分出国留学，但是大部分都在国内各种岗位上工作，主要去向有企业、高校、研究机构、其他行业。从专业对口程度来说，大部分学生从事与“药”有关的工作，但也有一定比例的学生去了与专业不太相关的工作岗位。2004年，制药工程专业招生情况非常火红，不少学校的录取分数线排列在本校录取分数的前3名，这对提高制药工程专业的生源质量是一个非常好的契机。但必须看到在“招生繁荣”背后更深层次的问题，譬如培养的质量、师资队伍的建设、就业压力等。招生规模的持续扩大，在让更多的年轻人接受高等教育、提高整个民族文化素质的同时，人才市场竞争日趋激烈，再加之不少毕业生在就业观念方面存在的一些偏差，会给毕业生的一次就业率产生较大的影响。这些因素最终会影响到专业的建设和健康发展。
制药工程是一个化学、生物学、药学（中药学）和工程学交叉的工科类专业，以培养从事药品研发制造，新工艺、新设备、新品种的开发、放大和设计人才为目标。尽管制药工程专业在名称上是新的，但是从学科沿革来看它的产生并不是全新的，是相近专业的延续，也是中国科学技术发展的产物。
