本科五年制的专业主要是医学类专业，当然艺术、工学、理学类也有部分五年制专业。
| 序 号 | 门类 | 专业类 | 专业代码 | 专业名称 | 修业年限 |
| 1 | 医学 | 基础医学类 | 100101K | 基础医学 | 五年 |
| 2 | 医学 | 临床医学类 | 100201K | 临床医学 | 五年 |
| 3 | 医学 | 临床医学类 | 100202TK | 麻醉学 | 五年 |
| 4 | 医学 | 临床医学类 | 100203TK | 医学影像学 | 五年 |
| 5 | 医学 | 临床医学类 | 100204TK | 眼视光医学 | 五年 |
| 6 | 医学 | 临床医学类 | 100205TK | 精神医学 | 五年 |
| 7 | 医学 | 临床医学类 | 100206TK | 放射医学 | 五年 |
| 8 | 医学 | 临床医学类 | 100207TK | 儿科学 | 五年 |
| 9 | 医学 | 口腔医学类 | 100301K | 口腔医学 | 五年 |
| 10 | 医学 | 公共卫生与预防医学类 | 100401K | 预防医学 | 五年 |
| 11 | 医学 | 公共卫生与预防医学类 | 100403TK | 妇幼保健医学 | 五年 |
| 12 | 医学 | 公共卫生与预防医学类 | 100404TK | 卫生监督 | 五年 |
| 13 | 医学 | 中医学类 | 100501K | 中医学 | 五年 |
| 14 | 医学 | 中医学类 | 100502K | 针灸推拿学 | 五年 |
| 15 | 医学 | 中医学类 | 100503K | 藏医学 | 五年 |
| 16 | 医学 | 中医学类 | 100504K | 蒙医学 | 五年 |
| 17 | 医学 | 中医学类 | 100505K | 维医学 | 五年 |
| 18 | 医学 | 中医学类 | 100506K | 壮医学 | 五年 |
| 19 | 医学 | 中医学类 | 100507K | 哈医学 | 五年 |
| 20 | 医学 | 中医学类 | 100508TK | 傣医学 | 五年 |
| 21 | 医学 | 中医学类 | 100509TK | 回医学 | 五年 |
| 22 | 医学 | 中医学类 | 100510TK | 中医康复学 | 五年 |
| 23 | 医学 | 中医学类 | 100511TK | 中医养生学 | 五年 |
| 24 | 医学 | 中医学类 | 100512TK | 中医儿科学 | 五年 |
| 25 | 医学 | 中医学类 | 100513TK | 中医骨伤科学 | 五年 |
| 26 | 医学 | 中西医结合类 | 100601K | 中西医临床医学 | 五年 |
| 27 | 医学 | 药学类 | 100703TK | 临床药学 | 五年,四年 |
| 28 | 医学 | 中药学类 | 100803T | 藏药学 | 五年，四年 |
| 29 | 医学 | 法医学类 | 100901K | 法医学 | 五年 |
| 30 | 医学 | 医学技术类 | 101008T | 听力与言语康复学 | 五年，四年 |
| 31 | 管理学 | 管理科学与工程类 | 120101 | 管理科学 | 五年，四年 |
| 32 | 艺术学 | 音乐与舞蹈学类 | 130202 | 音乐学 | 四年，五年 |
| 33 | 艺术学 | 音乐与舞蹈学类 | 130203 | 作曲与作曲技术理论 | 四年，五年 |
| 34 | 艺术学 | 美术学类 | 130403 | 雕塑 | 五年,四年 |
| 35 | 艺术学 | 设计学类 | 130509T | 艺术与科技 | 五年，四年 |
| 36 | 文学 | 外国语言文学类 | 050201 | 英语 | 四年，五年 |
| 37 | 工学 | 材料类 | 080411T | 焊接技术与工程 | 五年，四年 |
| 38 | 工学 | 环境科学与工程类 | 082503 | 环境科学 | 五年，四年 |
| 39 | 工学 | 生物医学工程类 | 082601 | 生物医学工程 | 五年，四年 |
| 40 | 工学 | 建筑类 | 082801 | 建筑学 | 五年，四年 |
| 41 | 工学 | 建筑类 | 082802 | 城乡规划 | 五年，四年 |
| 42 | 工学 | 建筑类 | 082803 | 风景园林 | 五年，四年 |
| 43 | 工学 | 建筑类 | 082804T | 历史建筑保护工程 | 五年，四年 |
| 44 | 农学 | 动物医学类 | 090401 | 动物医学 | 五年，四年 |
| 45 | 农学 | 动物医学类 | 090402 | 动物药学 | 五年，四年 |
基础医学依托医学与生命科学学部（以下简称“医学部”），充分发挥厦门大学多学科优势，借助教育部“卓越医生教育培养计划—拔尖创新医学人才培养模式改革试点”项目，融通医学部“博伊特勒书院拔尖班”，对标国家“强基计划”，有效整合高素质师资队伍、高层次科研平台、高水平临床基地，行我校“医学+X”交叉项目主体责任，厚植学科基础、浸润科学素养、涵养创新思维，为教学科研、技术开发、市场推广、基础管理等行业培养领军人才。
