网上阅卷具有严格的操作程序。首先要把扫描采集的主观题部分按题切割，通过专用网络将数据传送到阅卷点。考生的答题图像如同照片一样出现在阅卷老师的电脑屏幕上，但除了所评阅的试题以外，阅卷老师看不到与此无关的任何信息。考生的原始答题卡存放在专设的“答题卡保管区”，由警卫人员24小时严密防护。
网上阅卷管理工作相对规范。每位考生的答卷至少要由两位老师在不同的电脑屏幕上各自独立评阅一次。当两位老师对同一份试卷答题的两个评分相差不超出规定的误差范围时，评卷系统会自动取两个评分的平均值作为该题的得分;当两位老师的评分相差超出规定的误差范围时，评卷系统将答题自动调给第三位老师评阅。如果第三位老师的评分与前两者之一的评分之差在规定的误差范围内，评卷系统会取这两个相近评分的平均值作为该题的得分;若第三位老师的评分与前两者的评分相差都超出了规定的误差范围，评卷系统会自动“告知”评卷小组负责人，由其裁定该题的最终得分。
对于有异常情况的试卷，如图像不清楚、考生未按答题顺序作答、雷同卷、字迹前后不一致、试卷作特殊标记等，可以使用系统中异常标记功能进行异常标记，不得随意给分，并在备注信息栏中输入异常说明。对于评阅不合格的试卷，可打回给评卷教师进行重新评阅，系统将自动进行记录。系统还可对一评试卷中的0分、满分试卷进行抽查，以确定给分是否正确。
网上阅卷系统也实现了对阅卷教师的规范化管理。评卷教师的所有给分操作均在计算机上进行，由系统自动合分。系统可实时监控每一位教师的评卷质量，及时发现阅卷过程中偏严、偏宽和宽严不一的现象并予以纠正，做到给一分有理、扣一分有据，确保高考阅卷的公平、公正。 各试题组长可利用电脑随时观察各评卷教师的评卷给分分布曲线，对于不同时间给分一致性偏差较大的评卷教师，随时给出相应提示，并指出其评卷质量问题，及时改进。对于复评率过高的评卷教师，各试题组长可给出相应提示，并要求其及时改进评卷质量。
