《财政部、国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》(财税[2008]159号)第三条规定，合伙企业生产经营所得和其他所得采取“先分后税”的原则。具体应纳税所得额的计算按照《财政部、国家税务总局关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》(财税[2000]91号)及《财政部、国家税务总局关于调整个体工商户个人独资企业和合伙企业个人所得税税前扣除标准有关问题的通知》(财税[2008]65号)的有关规定执行。
前款所称生产经营所得和其他所得，包括合伙企业分配给所有合伙人的所得和企业当年留存的所得(利润)。
注意，自2011年9月1日，根据《财政部、国家税务总局关于调整个体工商户业主、个人独资企业和合伙企业自然人投资者个人所得税费用扣除标准的通知》(财税[2011]62号)第二条规定，《国家税务总局关于印发〈个体工商户个人所得税计税办法(试行)〉的通知》(国税发[1997]43号)第十三条第一款修改为：个体户业主的费用扣除标准为42000元/年(3500元/月);个体户向其从业人员实际支付的合理的工资、薪金支出，允许在税前据实扣除。
第三条规定，《财政部、国家税务总局关于印发〈关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定〉的通知》(财税[2000]91号)附件1第六条(一)修改为：投资者的费用扣除标准为42000元/年(3500元/月)。投资者的工资不得在税前扣除。
附：财政部 国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知
财税[2008]159号
各省、自治区、直辖市、计划单列市财政厅(局)、国家税务局、地方税务局，新疆生产建设兵团财务局：
根据《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例和《中华人民共和国个人所得税法》有关规定，现将合伙企业合伙人的所得税问题通知如下：
一、本通知所称合伙企业是指依照中国法律、行政法规成立的合伙企业。
二、合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税;合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。
三、合伙企业生产经营所得和其他所得采取“先分后税”的原则。具体应纳税所得额的计算按照《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》(财税[2000]91号)及《财政部 国家税务总局关于调整个体工商户个人独资企业和合伙企业个人所得税税前扣除标准有关问题的通知》(财税[2008]65号)的有关规定执行。
前款所称生产经营所得和其他所得，包括合伙企业分配给所有合伙人的所得和企业当年留存的所得(利润)。
四、合伙企业的合伙人按照下列原则确定应纳税所得额：
(一)合伙企业的合伙人以合伙企业的生产经营所得和其他所得，按照合伙协议约定的分配比例确定应纳税所得额。
(二)合伙协议未约定或者约定不明确的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人协商决定的分配比例确定应纳税所得额。
(三)协商不成的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人实缴出资比例确定应纳税所得额。
(四)无法确定出资比例的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人数量平均计算每个合伙人的应纳税所得额。
合伙协议不得约定将全部利润分配给部分合伙人。
五、合伙企业的合伙人是法人和其他组织的，合伙人在计算其缴纳企业所得税时，不得用合伙企业的亏损抵减其盈利。
六、上述规定自2008年1月1日起执行。此前规定与本通知有抵触的，以本通知为准。
财政部国家税务总局
二○○八年十二月二十三日
