南京中医药大学始建于1954年，是中国建校最早的高等中医药院校之一，是教育部和江苏省共建的国家“世界一流学科建设高校”，是教育部、江苏省人民政府与国家中医药管理局三方共建高校 、江苏省重点建设高校、江苏省高水平大学建设高校，是世界一流中医药大学建设联盟、长三角医学教育联盟创始成员，是世界卫生组织（WHO）传统医学合作中心、国家卫生部确定的国际针灸培训中心、全国首批博士和硕士学位授权单位、全国古籍重点保护单位、全国中医师资进修教育基地、国家建设高水平大学公派研究生项目实施高校、国家“特色重点学科项目”建设高校、国家“卓越医生（中医）教育培养计划”改革首批试点高校、国家级人才培养模式创新实验区、中国政府奖学金来华留学生接收院校。
截止2014年6月，学校形成了以中医药为主体，中西医结合，多学科为支撑协调发展的办学格局。学校设有基础医学院、第一临床医学院、第二临床医学院、药学院、经贸管理学院、护理学院、外国语学院、人工智能与信息技术学院、心理学院共9所直属学院，高等职业技术学院、成人教育学院和国际教育学院（港澳台培训中心）等 3所学院。
| 类别 | 专业 |
|---|---|
| 经济与贸易类(本) | 国际经济与贸易 |
| 生物科学类(本) | 生物技术 |
| 心理学类(本) | 应用心理学 |
| 电子信息类(本) | 医学信息工程 人工智能 |
| 计算机类(本) | 计算机科学与技术 软件工程 |
| 食品科学与工程类(本) | 食品质量与安全（中外合作办学） |
| 生物工程类(本) | 生物制药（中外合作办学） |
| 临床医学类(本) | 临床医学 |
国家级特色专业（5个）：中医学、中药学、针灸推拿学、中药资源与开发、护理学
国家级实验教学示范中心（2个）：护理实验教学中心 、中医临床实验教学示范中心
国家级精品课程（6门）：温病学、中医儿科学、中医内科护理学、中药炮制学、中医诊断学等
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