“跨江发展”更需要体制机制的支撑。科技产业处处长高江宁告诉记者，学校成立服务地方办公室，与南通大学国家科技园合署办公。学校沿江沿海发展研究院的科研团队，为了策应国家的长江经济带发展战略，已提出打造江海联动升级版的总体规划。作为江苏省与交通运输部共建高校，学校专门成立了交通运输工程研究院，下设智能交通研究所、交通纤维材料应用技术研究所、交通机电装备及新能源研究所、船舶电气研究所、交通医学与心理研究所、物流工程研究所，承担交通运输科研课题和科技成果推广转化工作。
真正得益的还是学生。南通大学研究生院常务副院长吴国庆告诉记者，学校已与企业合作成立67个企业研究生工作站，这些企业大多是创新型的骨干企业，研究生们能在解决企业难题中获得科技能力提升。以南通大学??海安锻压厂研究生工作站为例，以高年级研究生为主体的研究团队，通过不断努力，最终解决了国外先进石油机械的国产化难题。目前他们研制的智能模锻锤已能取代进口产品，该项技术也获得了教育部高校科研优秀成果二等奖。
近几年来，南通大学已建成省级品牌专业6个、特色专业9个，建立校企联盟131个、产学研基地199个，科研总经费达2.4亿元，实现了重点项目和重大项目的突破。南通大学党委书记成长春告诉记者，长三角一体化和江苏沿海开发上升为国家战略，南通陆海统筹发展综合配套改革试验区建设的大力推进，以及南通地方经济产业的升级换代，都为学校的特色发展提供了更为广阔的空间。
