在校办企业及校辖医院方面，复旦大学也制定了一系列新的内控政策，以遏制腐败。校办企业方面，学校明确处级以上干部未经学校批准一律不得在企业兼职，并对教师办企业和在企业兼职取酬情况开展了专项清查，未来将研究出台规范教师开办企业、在企业和其他单位兼职行为的管理制度;附属医院方面，学校将加强对附属医院大型医疗器械、药品和耗材采购的监管，在大型医疗器械、药品及耗材采购等领域建立附属医院共享专家库等。
据悉，复旦大学在接到中央巡视组巡视通报后，制定了《关于中央巡视组专项巡视反馈意见的整改工作方案》和《任务分解表》，包括4个方面、56项整改任务，并将其细化为91项整改事项。在91项整改事项中，预定于9月底前完成的60项已基本完成，其余31项正按计划有序推进。
