学校专科层次现有维医学、维药学、护理学、医学检验技术、康复治疗技术等5个高职专业。
校级优势专业：护理专业专业。
其中维医学专业是自治区级特色专业，医学检验技术专业是自治区级重点专业。
新疆维吾尔医学专科学校，简称“新疆医专”，是一所以继承、挖掘、提高和弘扬新疆维吾尔自治区医药学为宗旨，以培养维吾尔医医药高素质专业技术人才为目标的全日制普通专科学校。1984年开始筹建，1989年经教育部（原国家教委）正式备案。
学校老校区占地总面积 66667平方米（约100亩），建筑面积达19000平方米。学校正筹备升本工作和新校区建设工作。2018年护理、医学检验技术、康复治疗技术、助产（汉语言分省招生）4个专业向新疆、江西、贵州、云南、甘肃、宁夏6省市招生。
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