| 院系学部 | 下设专业 |
| 基础部 | 基础医学、生物学、公共卫生与预防医学、特种医学、药学、生物医学工程、外国语言文学、计算机科学与技术 |
| 海军医学系 | 潜水医学、军事航海医学、军队卫生学、防原医学、防化医学 |
| 药学院 | 药理学、药物化学、药剂学、药物分析学、生药学、微生物与生化药学、药事管理学 |
| 卫勤系 | 卫生勤务 |
| 护理学院 | 护理学 |
| 心理与精神卫生学系 | 基础心理学、军事心理学、医学心理学、精神医学、临床精神疾病诊治 |
| 热带医学与公共卫生学系 | 热带传染病学、流行病学、环境卫生学、卫生毒理学、生物防御（微生物）、防化医学 |
| 外训系 | ------ |
| 中医系 | 中医基础理论、中药方剂、经典著作、针灸推拿、中医外科、中医内科 |
国家重点学科 | |||
一级学科 | 二、三级学科 | ||
| 名称 | 数量 | 名称 | 数量 |
基础医学* | 2个 | 人体解剖与组织胚胎学 | 26个 |
| 免疫学* | |||
| 病原生物学* | |||
| 病理学与病理生理学 | |||
| 法医学 | |||
| 放射医学 | |||
| 航空、航天与航海医学* | |||
药学* | 药物化学* | ||
| 药剂学 | |||
| 生药学 | |||
| 药物分析化学 | |||
| 微生物与生化药学 | |||
| 药理学* | |||
| 生理学* | |||
| 遗传学* | |||
| 内科学（消化系病）* | |||
| 影像医学与核医学* | |||
| 外科学（普外）* | |||
| 外科学（骨外）* | |||
| 外科学（泌尿外）* | |||
| 外科学（胸心外）* | |||
| 外科学（神外） | |||
| 外科学（整形） | |||
| 外科学（烧伤）* | |||
| 外科学（野战外） | |||
| 中西医结合临床* | |||
备注：*为一级学科，*为直接获批的二、三级学科 | |||
“2110工程”重点学科 | |||
| 后方专业勤务 | 军事预防与防护医学 | 军事航海医学 | |
上海市重点学科 | |||
社会医学与卫生事业管理 | 病原生物学 | 内科学（肾病） | |
药物化学 | 外科学 | 护理学 | |
肿瘤学 | |||
上海市公共卫生重点学科 | |||
灾难流行病学 | 放射卫生学 | 循证公共卫生学 | |
临床输血医学 | 职业毒理学 | ||
“530”工程重点建设学科 | |||
野战护理学 | 卫生勤务 | 热带医学 | |
中医中药野战应用 | 军事药学 | ||
国家级精品课程（4个）：护理学基础、医学统计学、药理学、护理教育学
军队优质课程（4个）：护理学基础、医学统计学、药理学、护理教育学
中国人民解放军海军军医大学（The Second Military Medical University），简称海军军医大学（第二军医大学），国家“211工程”、军队“2110工程”和原总后勤部“530工程”重点建设院校，首批国家“世界一流学科建设高校”，军队研究生培养重点建设院校，第一批临床医学硕士专业学位研究生培养模式改革试点高校，是军队3所设置研究生院的单位之一，是全国首批博士、硕士学位授予单位和首批开办八年制医学教育的高校，入选教育部“卓越医生教育培养计划”、国家建设高水平大学公派研究生项目、国家生命科学与技术人才培养基地、外军医学留学生培养基地。
海军军医大学创建于1949年9月，当时称华东军区人民医学院，主要由华东医务干部学校、第三野战军卫生部医学院、国民党原国防医学院部分留大陆人员和从地方招聘的专家教授组成。1950年10月，更名为上海军医大学。1951年7月9日，由中央军委正式命名为中国人民解放军第二军医大学。2017年6月29日，更名为中国人民解放军海军军医大学，并对外保留第二军医大学校名。
据2017年8月学校官网显示，校机关设“四部二院”，下辖“一部八系”、3个师级学员管理单位、4所附属医院、1个国家肝癌科学中心和5个干休所。
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