所谓“平行志愿”，就是在某个录取批次考生可填报若干个平行设置的院校专业组志愿。平行志愿投档时，在所有符合报考类别招生资格的考生中，按“分数优先，遵循志愿”的原则进行操作。具体来说有三个步骤。
第一，按投档成绩将每个专业类别的考生从高到低排队。在对同一批次的平行志愿进行投档时，每个专业类别都有一个队列，谁的投档成绩高，谁就排在某个队列的靠前位置。
第二，按每个队列的考生顺序，依次浏览不同考生的志愿。只有前面考生的档案去向明确后，计算机才会浏览紧随其后那位考生的志愿。比如，小明和小花读的都是物理科目组合（普通类），小明531分，小花530分，小明刚好排在小花的前面一位。投档时，计算机先浏览小明的志愿，等小明的档案去向明确了，再浏览小花的志愿。
第三，具体到某一个考生的志愿，则按照该考生填报的院校专业组顺序依次浏览。计算机投档时，先浏览你所填报的第1个院校专业组，如果这个院校专业组此时还有空余计划，说明它的招生计划还没有被排在你前面的所有考生“用”完，你的档案可以投进这个院校专业组；如果第1个院校专业组满员了，再查阅你的第2个院校专业组是否有空余计划，如有计划则投档，如没有计划则浏览你的第3个院校专业组。依此类推。如果计算机浏览到你填报的最后一个院校专业组仍没有空余计划，表明你此次投档踏空，则需密切关注这个批次的征集志愿，或参加下一批次投档。
第一步排序：将所有满足该批次分数线的考生(不包含前面批次已被录取的考生)，分文科和理科从高分到低分排序，使每个考生都确定自己所处的位置。
第二步检索(分档)：将考生档案分到高校的数据库档案中。由计算机将排好序的考生从高分到低分逐个进行检索，检索到的考生，对其所填的各志愿高校依次进行检索判断。当某一高校已分得的档案数小于投档数时，则将档案分到该校档案数据库，否则就对考生下一志愿高校进行检索判断。一旦检索到投档数未满的高校而被分档后，则不再对其后志愿检索。
第三步投档：当该批次所有满足条件的考生档案检索完毕后，对分好的本批次档案定向投往高校。这个过程是一次性地同时完成的。
第四步录取：高校根据已向社会公布的《招生章程》录取考生。
第五步确认：高校将确定的录取名单通过网络回传给招生录取现场进行录取检查，一旦完成录取就办理录取手续。与此同时，已经投档至高校但由于不符合高校录取条件的未录取考生档案也将被退回招生录取现场。
