1、定义不同
本科教育，高等教育的中级层次。属联合国教科文组织《国际教育标准分类》的第三级第一阶段（授予大学第一级学位或同等学历证书）教育。与专科教育、研究生教育构成高等教育内部的 3 个层次，为高等教育的主干部分。
应用型本科指以应用型为办学定位，而不是以科研为办学定位的本科院校。应用型本科教育对于满足中国经济社会发展，对高层次应用型人才需要以及推进中国高等教育大众化进程起到了积极的促进作用。
2、包含范围不同
本科：在我国普通高考当中，本科录取分为本科一批（一本）、本科二批（二本）和本科三批（三本）（2017年部分地区取消本科三批）。
应用型本科：现阶段一般包括所有的本科第一批、本科第二批录取院校。
3、招收对象不同
本科教育主要招收高中毕业生，学制依据不同专业，一般为4～5年；少量招收专科毕业生，一般要通过专升本考试，学制2年。
“应用型本科”是对新型的本科教育和新层次的高职教育相结合的教育模式的探索，由部分省属本科院校与国家级示范性高等职业院校、国家大型骨干企业联合试点培养适应社会经济发展需求的应用型本科专业人才。
为适应社会需求，专科毕业生必须继续深造，普教选拔专科学生升入本科学习（在校学生15%的比例数量）已远不能满足学生现实要求。严格的政策要求，使85%以上在校专科生不能按普教继续深造，为满足广大学生需要，国家教育行政部门专门为此在自考系列中设置了应用型独立本科，为在读专科生提供学习机会（否则只能再次参加高考，被本科院校录取）。
应用本科教育属于较高层次的技术教育，是我国高职教育中的重要组成部分。它是相对于普通本科和高职专科而言的，它既不同于一般四年制的普通本科，也不同于专科层次的高职。
普通本科和应用本科是本科教育的两种类型，它们的关系应是平行发展的。应用本科是高职教育的一个层次，它同一般普通本科相比具有鲜明的技术应用性特征。在培养规格上，应用本科培养的不是学科型、学术型、研究型人才，而是培养适应生产、建设、管理、服务第一线需要的高等技术应用性人才；在培养模式上，应用本科以适应社会需要为目标，以培养技术应用能力为主线设计学生的知识、能力、素质结构和培养方案，以“应用”为主旨和特征构建课程和教学内容体系，重视学生的技术应用能力的培养。
