| 二级学院 | 专业 |
| 农业与生物学院 | 农学、植物保护、种子科学与工程、生物技术、生物科学 |
| 园艺园林学院 | 园艺、园林、草业科学 |
| 经贸学院 | 国际经济与贸易、会展经济与管理、投资学、农林经济与管理 |
| 管理学院 | 财务管理、工商管理、会计学、人力资源管理、市场营销 |
| 信息科学与技术学院 | 计算机科学与技术、网络工程、信息管理与信息系统、电子信息工程、通信工程、物联网工程、数据科学与大数据技术 |
| 自动化学院 | 自动化、电气工程及其自动化、机器人工程 |
| 轻工食品学院 | 食品科学与工程、食品质量与安全、生物工程、包装工程 |
| 机电工程学院 | 机械电子工程、机械设计制造及其自动化、能源与动力工程 |
| 化学化工学院 | 应用化学、化学工程与工艺、高分子材料与工程、材料化学 |
| 资源与环境学院 | 环境科学、环境工程、资源环境科学 |
| 何香凝艺术设计学院 | 产品设计、环境艺术设计、视觉传达设计 |
| 外国语学院 | 商务英语、英语、日语 |
| 城乡建设学院 | 城乡规划、土木工程、给排水科学与工程 |
| 计算科学学院 | 统计学、信息与计算科学 |
| 人文与社会科学学院 | 行政管理、社会工作、文化产业管理 |
| 动物科技学院 | 动物科学、水产养殖学、动物医学 |
| 马克思主义学院 | 负责思想政治理论课教学与马克思主义中国化研究 |
| 体育部 | 负责体育课教学与活动开展工作 |
国家级卓越计划专业1个（园林）、国家级特色专业2个（园艺【国家级专业综合改革试点】、食品科学与工程）。
省级一流本科专业3个：园艺、食品科学与工程、自动化，省级特色专业10个（能源与动力工程、计算机科学与技术、植物保护、应用化学、视觉传达设计、环境科学、网络工程、园林、环境设计、环境工程）。
仲恺农业工程学院是一所以农学、工学和管理学学科为优势，农学、工学、理学、经济学、管理学、文学、艺术学和法学等多学科协调发展的省属本科大学。学校坐落在历史文化名城??广州，校园集云山之神秀，汇珠水之灵气，是读书治学的理想园地。
学校前身为仲恺农工学校，是第一次国共合作时期，近代民主革命先驱何香凝先生等提议、国民*为纪念廖仲恺先生爱护农工的意愿而决定创办的。学校于1927年招生，何香凝先生首任校长15年。1984年，经教育部、农牧渔业部批准，学校升格为本科院校，定名"仲恺农业技术学院"，国家副*王震同志题写校名。2008年3月，经教育部批准，更名"仲恺农业工程学院"。
为争取社会各界支持办学，促进学校发展，1987年4月，根据国家副*王震提议，经中共广东省委同意，成立了学校董事会，王震任名誉董事长，广东省省长叶选平任第一届董事会董事长。1997年，广东省省长卢瑞华任第二届董事会董事长。2008年，广东省省长黄华华任第三届董事会董事长。2015年，广东省省长朱小丹任第四届董事会董事长。董事会成员由*、省部级领导以及港澳知名人士担任。
学校的建设和发展备受各级领导和社会各界的高度重视与关心。党和*叶剑英、*、杨尚昆、王震先后为校园内的廖仲恺何香凝纪念馆、廖仲恺铜像、何香凝汉白玉塑像和廖仲恺纪念碑题字。*杨尚昆，全国人大常委会副委员长廖承志、何鲁丽、周铁农，全国政协副*廖晖、霍英东、马万祺等多次亲临学校视察指导工作。广东省委、省政府及省教育厅一贯关心、支持学校建设，有力地推动着学校健康快速发展。海内外各界人士深怀对廖仲恺、何香凝及其开创事业的崇敬和景仰，不断给予精神和物质上的大力支持，霍英东、马万祺、何厚铧、崔世安、曾宪梓、何鸿?、杨钊、刘宇新等一批港澳社会名流为学校捐款兴建实验楼、图书馆、体育馆、教学楼等，添置教学科研和医疗卫生设备，设立奖教奖学金，为学校办出特色、办出水平不遗余力。
目前，学校有白云校区、海珠校区和钟村实习农场。学校具有高级专业技术职务专任教师421人，具有硕士学位以上专任教师的858人;现有十百千万人才工程第二层次人选1人，973首席科学家1人，广东省教学名师2人，广东省高校"千百十工程"省级培养对象12人，广东省高校优秀青年教师15人，珠江科技新星4人，省级科技创新团队2个，校级科技创新团队14个。学校图书馆藏书117万册，电子图书108万册，各种类型数字资源库33个。建有完善的现代电子图书系统和计算机网络服务体系。
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