厦门华厦学院于1993年在时任厦门市政协*蔡望怀的倡导下，由厦门市政协发动社会力量捐资创办，是厦门市委、市政府重点支持的民办非营利性质的新型*大学。创办伊始，学校董事会就坚持“零回报”办学模式，董事会成员不取分文酬劳；坚持公益性和非营利性定位，学校法人资产不转移、不分割、不流失，并且建立了风险保障基金，属完全公益性的教育机构。在董事会的领导下，学校始终坚持非营利性办学理念，于2010年纳入国家“非营利民办高校办学制度”教育体制改革项目试点院校，2013年成为首批全国非营利性民办高等学校联盟成员。2015年教育部同意在厦门华厦职业学院基础上建立厦门华厦学院，即学校升格为应用型本科院校，主要培养区域经济社会发展所需的应用型人才。2016年学校加入应用技术大学（学院）联盟，开启了建设应用型本科高校的新征程。
学校实行董事会领导下的校长负责制。学校历任校长均为各专业领域的知名专家学者，且具有国内重点高校行政管理经验。学校现任校长是杨?原教授，博士生导师，毕业于美国麻省州立大学，获博士学位，中国人类蛋白质组织理事长，国际蛋白质组织理事，国家蛋白质基础研究专题专家组成员，复旦大学生物医学研究院常务副院长。
党委书记由省市委组织部，省市委教育工委委派。学校党委以*，贯彻落实全面从严治党主体责任和意识形态工作责任制，发挥民办高校党委的政治核心作用，坚持以党的政治建设为统领，以立德树人为根本、以思想政治工作为抓手、以党建品牌为引领，形成了“1235N”的工作模式，助推学校各项事业发展。
党政领导班子精诚团结，形成董事会的领导核心、校领导的行政核心和校党委的政治核心“三位一体”的合力与向心力，为学校的改革创新和健康可持续发展提供了坚实保障。
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