福建医科大学创建于1937年，前身是福建省立医学专科学校，首任校长侯宗濂（1900年-1992年），系中国近现代著名生理学家和医学教育家。经过78年的建设发展，学校已形成学士、硕士、博士人才培养体系和“勤奋、严谨、求实、创新”优良校风，成为一所集教学、科研、医疗、预防和社会服务为一体的省属医科大学。2003年，福建省人民政府确定我校为省属重点建设高校。近年来，学校先后被评为“全国教育系统抗震救灾先进集体”、福建省党建和思想政治工作先进高校、省文明学校、省“依法治校”示范校、省“校务公开”示范校、省计划生育先进单位、省卫生先进单位、省绿化模范单位和省级花园式单位等。
学校现有上街、台江2个校区，占地约1500亩，校舍建筑面积40多万平方米。
学校现有在校生21900多人，其中全日制的本科生13000多人、博士研究生250多人、硕士研究生2400多人。设有研究生院、基础医学院、公共卫生学院、医学技术与工程学院、药学院、护理学院、口腔医学院、外国语学院、人文学院、协和临床医学院、第一临床医学院、第二临床医学院、省立临床医学院、福总临床医学院、临床教学部、思想政治理论课教学研究部、体育教学研究部、海外教育学院、成人教育学院、继续教育学院等20个学院（部）。
学校形成了较为合理的学科专业结构，现有基础医学和临床医学2个博士一级学科授权点，14个硕士一级学科授权点，27个博士二级学科授权点，52个硕士二级学科授权点。根据国际权威机构ESI最新统计，我校临床医学学科从2009年起已经进入全球同类机构前1%，全国排名第34位。学校拥有福建省国家重点学科培育建设学科1个，国家临床重点专科9个，省级临床重点专科13个，省“211工程”重点学科2个，省特色重点学科4个，省级重点学科9个。设有普通本科专业26个，覆盖了文、理、医、管、法等5个学科门类。其中国家级特色专业4个，省级特色专业8个，国家级人才培养模式创新实验区1个，省级人才培养模式创新实验区7个，国家级精品课程1门，省级精品课程36门。“十二五”期间获批1个国家级专业综合改革试点和6个省级专业综合改革试点项目。
学校现有附属协和医院、附属第一医院、附属第二医院、附属口腔医院4所直属附属医院，附属第三医院正在建设中，同时在福建省设有省立临床医学院、福总临床医学院等非直属附属医院和临床医学院12所。此外，有临床教学医院22所，专业实践教学基地58个，形成了比较完善的临床教学与实践教学基地网络，有效保障了临床与实践教学的需要。
学校现有教职医护员工10134人（含附属医院），其中校本部1274人。在1263名专任教师中，具有博士学位占40.32%，研究生学位以上占82.37%，高级职称占63.64%。博士生导师108名，硕士生导师802名。国家“*”人选1人，“南丁格尔”奖章获得者1人，国家有突出贡献中青年专家4人，“新世纪百千万人才工程”国家级人选6人，教育部新世纪优秀人才支持计划人选3人，卫生部有突出贡献中青年专家5人，教育部优秀青年教师资助3人，教育部骨干教师资助8人，全国高校优秀骨干教师1人，享受国务院特殊津贴专家110人，福建省“*”人选6人，福建省“外专*”人选1人，福建省高校领军人才1人，“闽江学者奖励计划”人选14人，福建省优秀专家23人，“福建省百千万人才工程”人选63人，福建省杰出人民教师3人，福建省杰出科技人才4人，福建省高校教学名师14人，福建省高校新世纪优秀人才支持计划人选41人，福建省高校杰出青年科研人才培育计划17人，福建省优秀人才6人，福建省高校创新团队6个，海西产业人才高地领军人才1人。
学校拥有良好的科研条件，现有临床医学和基础医学2个博士后科研流动站，2个院士工作站。拥有肿瘤免疫药物开发国家地方联合工程研究中心，福建省创新抗体药物技术重大研发平台，福建省唯一的新药安全性评价中心，构建了完整的创新药物研发链。具有省部共建教育部重点实验室1个，省级重点实验室4个，省“2011协同创新中心”1个，省级工程研究中心1个，省高校重点实验室9个，承担着大量的科研任务，成果显著。“十二五”期间，获国家自然科学基金项目200多项，发表SCI收录论文近2200篇，获授权国家发明专利67件，省部级以上科技成果奖32项，其中国家科技进步奖（合作单位）二等奖1项。
学校编辑出版的学术刊物《福建医科大学学报》、《福建医科大学学报（社科版）》、《中华高血压杂志》和《心血管康复医学杂志》等，面向国内外公开发行。学校图书馆面积2.56万平方米，图书、资料288.6万册，是福建省医学图书中心馆。
学校坚持开放的办学理念，积极开拓国际化办学新途径，先后与日本长崎大学、山梨大学、奈良医科大学、奥地利维也纳医科大学、瑞典林奈大学、丹麦哥本哈根城市大学、香港大学、台北医学大学、阳明大学、台北健康护理大学等高校和科研院所开展了多层次、多角度的合作。学校是我省最早接受国家公派留学生和开展全英教学的高校之一，港澳台侨和留学生培养涵盖博士、硕士、学士，在校留学生、港澳台生达500多人。
办学近八十年来，学校为国家和地方共培养输送了6万多名医学人才。校友中不乏杰出人才，其中有院士、专家、教授，许多校友都已成为医药卫生战线的领军人物。我校培养的学生以理论功底扎实，实践动手能力强著称，受到用人单位的广泛欢迎。近年来就业率始终保持在97%以上。此外，我校临床、口腔、护理等各专业学生在历年国家执业医师（护师）资格考试和英语四、六级考试等国考的通过率均远高于全省和全国平均水平，多年来参加全国高等医学院校大学生临床技能比赛成绩名列前茅。学校近年获大学生创新创业训练计划项目国家级150多项、省级近400项。
目前，学校正在努力成为福建医药卫生人才培养中心、医学科学研究中心和医疗预防保健中心，成为一所高水平的教学研究型医科大学，力争在人才培养、科学研究、医疗卫生服务、文化传承创新等方面做出更大的贡献跨入国内同类高校先进行列。
