北京协和医学院1917年成立。中国医学科学院和北京协和医学院自1957年起实行院校合一的管理体制。作为我国最高医学研究机构和最高医学教育机构，院校自成立以来始终以引领我国医学科技教育发展和维护人民健康为己任，为我国医学卫生健康事业的发展做出了重要贡献。
院校建立以来，北京协和医学院开创了我国八年制临床医学教育、高等护理教育、住院医师培训制度和最早的公共卫生实践，取得了“北京猿人发现”、“蛋白质变性学说”、“单体麻黄素提取”、“黑热病研究”等一系列重要成果；中国医学科学院在脊髓灰质炎系列疫苗的研制及其在中国儿童计划免疫中的应用、全国控制和基本消灭麻风、根治绒毛膜上皮癌化学疗法的创建与推广、食管癌综合防治研究、难治性心血管疾病的临床救治体系、丁苯酞和双环醇等天然药物创制、人工麝香研制及其产业化、国内首例艾滋病患者发现及新发突发传染病防治体系、中国医学细胞遗传学创建与疾病基因研究和自体干细胞临床率先应用理论基础与技术推广等方面做出了创造性贡献。院校产生了包括张孝骞、张锡钧、钟惠澜、林巧稚、黄家驷等在内的52位医药卫生界两院院士，为中国疾病预防控制中心、军事医学科学院、解放军总医院、首都医科大学、北京医院、中日医院、北京安贞医院等国内众多重要医学机构的建立提供了人才和技术支持。
院校至今已发展成为拥有23个研究所（院、基地）、6家医院、7所学院、56个创新单元，集医教研防产为一体的国家医学科学中心和综合性医学科学研究机构。院校拥有两院院士24人、国家杰青39人；拥有国家“双一流”建设学科4个；在教育部学科评估中有6个A类学科；拥有国家重点实验室5个、国家临床医学研究中心5个、其他国家级科研基地8个。院校有6所直属医院，包括中国医学科学院北京协和医院、阜外医院、肿瘤医院、整形外科医院、血液病医院和皮肤病医院，集综合医院和专科医院于一体，形成了国内外闻名的医疗、教学和研究紧密结合的临床医学体系。
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